背景设定与人物
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参见：女神异闻录5角色列表
《女神异闻录5》发生在一个有人格面具（Persona）的世界中，围绕着一群拥有人格面具的高中学生展开。人格面具是驾驭心灵而得到的力量。在心里隐藏着的“另一个自己”，在触到自己心底的时候出现的人格。或在面对外界事物时，表现在外的“人格”，将自己武装起来的“面具”。[17]游戏发生在20XX年四月的现代东京，秋叶原、新宿、涩谷等地区都与现实世界中的一样。[18]不仅有很大的游戏场景，还有一些特殊地点诸如商店、餐馆和电影院可以进入。整个游戏的主要游戏场景是主角就读的私立秀尽学园。[4][5][6]第二个主要场景是“异世界”（Metaverse），这是一个超自然的地方，由人类的潜意识和认知的物质表现形式组成。在异世界中，心中有强烈扭曲欲望的人形成了自己独特的“殿堂”，同时亦是殿堂主人的另一个现实世界，殿堂主人的阴影是殿堂的支配者，若殿堂主人的阴影被杀，殿堂主人就会失去所有欲望，包括生存的欲望，而变成“废人”。[5][19][20]殿堂里有各种各样的阴影，是殿堂主人强烈扭曲的欲望实体化而成的存在。
“秘宝”是欲望的来源，在殿堂的中心，只要把秘宝从殿堂中夺走的话，就会令殿堂消失，同时殿堂主人亦会悔改。刚发现秘宝时是无法马上夺走，因尚未实体化的缘故，需通过“预告信”将其实体化。
天鹅绒房间是《女神异闻录系列》惯例登场的谜之房间，在这间房间可以进行人格面具合体等操作。它是梦与现实、意识与无意识之间的世界。由于该房间的形态和背景是会根据契约者的命运和心境而有所变化的，所以本作的天鹅绒房间是一座监狱。[16]
玩家扮演的主角是一个与其他《女神异闻录系列》游戏一样沉默的角色：他是心之怪盗团的领导者，他们从犯罪分子和其他坏人的殿堂中夺取秘宝，促使他们悔改并阻止他们的犯罪行为。[6][21]他的第一个同伴是同校学生坂本竜司，第二个同伴则是摩尔加纳，它是在殿堂内部帮助他们的一个神秘、像猫一样的存在。在游戏过程中，还有更多的人加入了怪盗团，其中包括美日混血的高卷杏、艺术天才喜多川祐介、秀尽学生会会长新岛真、电脑骇客佐仓双叶和奥村食品公司社长的千金奥村春。[4][6][21]与主角联系密切的还有高中生侦探明智吾郎、检察官兼新岛真的姐姐新岛冴、天鹅绒房间的伊格尔和他的两位助手卡萝莉娜与芮丝汀娜。[4][22]
故事剧情与结局
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本作故事背景为现代的日本东京，秋叶原、新宿、涩谷等地区都与现实世界中的一样。[18]故事开始前发生了一连串离奇的意外事件，如交通事故、工厂爆炸等。肇事者们无故突然像失心疯一般狂暴化，事后却说“不知道为什么会做这样的事”或变成“废人”。这一系列事件被称之为“精神失控事件”，使得人心惶惶。
20XX年四月，主角因为捍卫一名在街上被一醉酒男子骚扰的女子而被诬告伤害并予以缓刑，并被退学。然后主角被送往东京，留宿于他父母的友人佐仓惣治郎经营的的咖啡店“卢布朗”，并在未来一年的缓刑期间就读于私立秀尽学园。[23]之后，他进入到天鹅绒房间，在那里伊格尔警告他必须“更生”才能回避灭亡的来临，并交给他一个“异世界导航”的手机应用程序。上学第一天，主角无意中启动神秘的手机应用程序“异世界导航”后，跟刚认识的坂本龙司一起进入了鸭志田的“古城”。在被“阴影”穷追不舍时，还遇到了谜之生物“摩尔加纳”。就在两人差点被“古城”的阴影处决之际，主角觉醒了人格面具的能力，击退了阴影。摩尔加纳告诉他们把秘宝从殿堂中夺走的话，就会令殿堂消失，同时殿堂主人亦会改邪归正。之后，主角和龙司还有同学高卷杏等人让施虐、性骚扰的教师鸭志田改过自新，以此为契机，组成了心之怪盗团，开始了让世间的坏人“悔改”的行动。
随着心之怪盗团的成员数量的增加，他们吸引了公众和警察们的注意，包括检察官新岛冴和高中生侦探明智吾郎。心之怪盗团知道了一个秘密团体，包括一个戴着黑色面具的暗杀者，正在利用异世界来杀死他们想让之悔改的目标，并正想消灭他们。在他们揭露阴谋的过程中，亦敌亦友、长期观察和协助怪盗团的明智吾郎也加入了心之怪盗团。随后心之怪盗团们发现他其实就是黑色面具的暗杀者。之后心之怪盗团在新岛冴的帮助下，推断出这个阴谋的领导者是政治家狮童正义，他一直在利用明智吾郎在异世界的能力来消除那些让他成为首相的障碍，并将他的改革强加给日本，对主角们进行了强烈的攻击指控。当心之怪盗团进入狮童正义的殿堂时，他们遇到了明智吾郎，他透露自己其实是狮童正义的私生子，但狮童正义却不知道这件事并且忽视自己的母亲，于是他一直暗中策划着对狮童正义多年来的疏忽进行报复。明智吾郎被击败后，众人随即遭到殿堂阴影进迫，明智吾郎省悟自己一直只是被狮童正义利用，牺牲自己保护心之怪盗团逃离攻击，并得以到达殿堂的秘宝处。怪盗团随后使狮童正义悔改。
尽管狮童正义在悔改后被逮捕和供认他的罪恶，但公众仍然对此漠不关心，并已失去对心之怪盗团的信任。于是心之怪盗团最终决定夺走位于印象空间核心的大众的秘宝。在印象空间内部，他们发现大众选择放弃自己的自由，任由被关在囚笼里。心之怪盗团然后被秘宝——圣杯从印象空间赶出，在目睹印象空间与现实融合之后，因社会大众内心中对于怪盗团的认知存在逐渐消失，导致怪盗团全员从这个世界上被抹杀其存在，下场与死亡无异般完全消失。主角在天鹅绒房间醒来，卡萝莉娜和芮丝汀娜重拾他们的记忆并融合为她们原本的样子——拉雯妲。拉雯妲揭示一直以来与主角对话的伊格尔其实是“统治之神”亚尔达拜特冒名顶替的。亚尔达拜特的另一身份正是印象空间的秘宝圣杯，因人类放弃自由与接受控制的意愿而诞生。因为曾与伊格尔就人类的目标打赌，亚尔达拜特给了主角和明智吾郎能力，看看这个世界是否会因为他们的行为而继续存在或毁灭。主角拒绝了亚尔达拜特以自由为代价回到自己的世界的提议，其他心之怪盗团成员也一样，继续与亚尔达拜特抗争。主角的协助者们团结民众并获得民众的支持，切断亚尔达拜特对人性的控制，使得主角觉醒了人格面具“撒坦耶尔”并消灭了亚尔达拜特和印象空间。
在击败亚尔达拜特后，为了让狮童正义被控告，主角必须先自我招供以提供证据。当主角被监禁时，其他心之怪盗团的成员和他的协助者们成功地帮助主角洗脱罪名。第二年的春天，主角的朋友把他送回了他的家乡。
若玩家遇上以下情况，则游戏按剧情进入不同的结局：
主角本人在战斗中被击败（HP值跌至0）而死亡；
玩家未能在期限前完成指定殿堂的攻略，主角会因此被捕；
玩家在进行关键对话时，会因选择的答案进入不同结局(一个会进入结局，一个则会继续推动剧情)。
皇家版
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在《女神异闻录5 皇家版》中，如果与丸喜的Coop等级达到Max将会进入俗称的“第三学期”。圣诞前夕主角做好自首觉悟之时，被认为已死的明智吾郎现身并代替主角向警察自首，以证明自己和狮童正义的罪行。本以为事情告一段落、皆大欢喜，主角却发现自己被卷入“虚假的现实”当中，不但双叶的妈妈一色若叶仿佛从来没有死去般出现，自首的明智吾郎也仿佛从未被逮捕过，除此之外各式各样的遗憾仿佛都从未发生过。主角后与不受这个“虚假的现实”影响的芳泽霞、明智吾郎对出现在现实世界中的殿堂进行调查，而在调查此殿堂过后发现这个虚假的现实的缔造者正是秀尽学园曾经聘请的心理辅导员丸喜拓人，丸喜向三人说明现在的这个世界所发生的一切都是真实的，也就是说，这并非是虚假的现实。他要求主角们考虑过后，再告诉他是否要否认这个现实。
之后三人第二次潜入殿堂并与丸喜对峙，他们从丸喜口中得知“芳泽霞”早已去世，而先前的那位少女其实是芳泽霞的双胞胎妹妹“芳泽堇”，这一切也都是丸喜拓人的人格面具能力“曲解之力”造成的，使芳泽堇对于自己是芳泽霞一事深信不疑，同时曲解周遭所有可能导致芳泽堇发现真相的事物。同时间，曾经在主角们第二次潜入殿堂前与主角交谈过的心之怪盗团的成员们也聚集在卢布朗，并在相互讨论过后从“虚假的现实”中醒悟，并到殿堂中帮助当时陷入困境的主角与明智，将芳泽堇带回。芳泽堇受到大家的鼓舞决意战斗，与心之怪盗团先后攻略丸喜拓人的殿堂，以及被丸喜拓人渗透的印象空间。最终，心之怪盗团打败了丸喜拓人，阻止了异世界与现实世界的融合，世界从“虚假的现实”中恢复到原来的模样。